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学位论文保密阶段一般三到五年，也有更长的。保密的一般是与涉密项目有关的论文，即常规涉密内容，如：涉密的国家自然科学基金项目(以下简称“国自然”)、涉密的国家重大社会科学基金项目等，或者是其他涉密内容，如：涉密的国家重点实验室、涉密的军事院校等。
保密期限：涉密项目一般都有保密期，如国自然的保密期一般为35年，也可能随项目时间顺延。在保密期内，这些论文不会公开，也不会被录入到常用的学术数据库如知网中。查重系统的限制：由于保密期限内的论文无法在网上公开，因此它们通常不会被纳入学术查重系统的数据库。
该协议规定的保密期限一般为2年，这一时间足以让学生和导师在学术领域内先行一步，确保研究成果的优先权。 保密的目的是防止论文内容被他人未经许可地使用或复制，尤其是在论文尚未正式发表或未获得相应的学术认可时。
年，10年，或20年。依据查询中国科学大学研究生学位论文保密管理规定得知，涉密学位论文的保密期限：“内部”一般不超过2年，“秘密”一般不超过10年，“机密”一般不超过20年。所以中国科学技术大学论文保密期限是2年，10年，或20年。
1、综上所述，硕士研究生论文查重时，不会与在保密期限内的博士论文进行查重。这是因为保密期限内的论文受到特殊管理，不会在公开数据库中出现，因此也不会被查重系统所检测到。
2、过了保密期后才会在网上公开，也就是说还在保密期的论文是查不到的，自然就不会和保密期的论文查重了。
3、会，知识保密只是不会对外公开，但使用知识查重时，仍然会被纳入到对比范围中的。因此不能使用别人的毕业论文再来用一次，如果非得要用，那也要大修改，降低重复率以后才能用。改完后，用文天下论文检测网的知识检测查一下，过关了再提交学校，否则被学校发现，轻则延迟毕业，重则没有学位。
4、不会。研究生毕业论文中使用了师姐的部分内容，即使师姐的论文已经送外审并且审回来之后签了保密协议，这并不意味着使用这部分内容会触发查重。查重主要依据的是数据库中的已发表文献，而非未公开的外审论文。保密协议的签署只对协议内的内容有效，不会影响查重系统对论文的检测。
5、硕士毕业论文在查重时，引用自己已发表的论文是否会算作重复，这取决于使用的查重系统以及学校的具体规定。根据知网查重系统，如果正确勾选“去除本人已发表的论文”选项，系统会自动排除自己发表的论文，不会计入重复。但需注意，并非所有查重系统都具备此功能，且部分学校可能不认可这种方法。
6、研究生论文会进行抽检，并且通常会进行全文查重。以下是关于研究生论文抽检和全文查重的详细解研究生论文抽检 抽检背景：为保证学位与研究生教育质量，国务院学位委员会和教育部于2014年3月印发了《博士硕士学位论文抽检办法》。该办法规定每年将对上一学年度全国授予博士、硕士学位的论文进行抽检。
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