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孙晓军在学术研究领域取得了显著的成就，他的部分获奖情况如下：2008年，孙晓军的研究成果“儿童同伴关系对孤独感的影响”荣获了湖北省第十二届自然科学优秀论文三等奖，这项研究深入探讨了同伴关系对儿童孤独感的影响，为理解儿童心理发展提供了新的视角。
还是很高的。全国百优是学术界至高的荣誉，硬实力的展现，难度非常高。比发表几篇顶刊要强出太多档次。对学者个人，导师，学院甚至学校，都能带来极大的效益。此奖跟作者的人脉当然有一定关系，但没有必然联系。
百篇优博论文要求质量很高，很难评上。一旦评上，若是毕业去高校工作，一般作为人才引进，直接副教授职称。可见其层次。
曾获中科院优博论文奖、全国百篇优博论文奖、教育部新世纪优秀人才计划支持、第八届山东省青年科技奖、2008年度国家杰出青年基金项目资助、首届(2008)美国地球物理学会日地系统科学Basu-Early career award、获评2008年度山东大学十大新闻人物等。
人次获中科院院长奖学金特别奖，100多名研究生获院级各类奖励。新获国际人才交流项目4项，3名留学生获中国科学院——发展中国家科学院院长奖学金。
在教学领域，他连续多年获得中国科学院优秀研究生导师奖，以及中国科大优秀研究生导师奖，指导的学生曾获多项国家级奖项，如中科院院长特别奖、优秀博士论文奖、全国百篇优博提名奖等，并且他的信息安全专业被纳入国家级“质量工程”建设项目。
1、对博士研究生培养质量关系不大。全国取消百优博士学位论文评审已经很多年了，百优博士学位论文对博士研究生培养质量关系不大，因此背取消了。博士是标志一个人具备出原创成果的能力或学力的学位，是目前最高级别的学位。
2、第十五条 对已批准的全国优秀博士学位论文，如发现有剽窃、作假或论文的主要研究结论不能成立等严重问题，教育部和国务院学位委员会将撤消对作者的奖励并予以公布。
3、然而，近年来工科院校逐渐意识到，拥有扎实数学基础的工科学生往往能在科研上取得更显著的成就，如荣获百优博士论文的学生，其数学素质尤为突出。鉴于此，各工科院校纷纷加强对学生数学素质的培养，对原有高等数学课程进行了改革。
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